MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 plasmid 1

Total Repeats: 835

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008012	AAC	2	6	34	39	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_008012	GAA	2	6	167	172	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008012	TTTA	2	8	212	219	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008012	TAT	2	6	224	229	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008012	TCA	2	6	235	240	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_008012	AT	3	6	251	256	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_008012	AT	3	6	274	279	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008012	AAT	2	6	340	345	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972344
9	NC_008012	ATTA	2	8	411	418	50 %	50 %	0 %	0 %	94972344
10	NC_008012	T	6	6	445	450	0 %	100 %	0 %	0 %	94972344
11	NC_008012	TAC	2	6	465	470	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972344
12	NC_008012	ATG	2	6	491	496	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972344
13	NC_008012	TGTTA	2	10	500	509	20 %	60 %	20 %	0 %	94972344
14	NC_008012	A	6	6	520	525	100 %	0 %	0 %	0 %	94972344
15	NC_008012	AAT	2	6	546	551	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972344
16	NC_008012	T	7	7	618	624	0 %	100 %	0 %	0 %	94972344
17	NC_008012	AT	3	6	687	692	50 %	50 %	0 %	0 %	94972344
18	NC_008012	TTA	2	6	786	791	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972344
19	NC_008012	CCT	2	6	805	810	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	94972344
20	NC_008012	TGA	2	6	816	821	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972344
21	NC_008012	CAC	2	6	845	850	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94972344
22	NC_008012	TTAG	2	8	856	863	25 %	50 %	25 %	0 %	94972344
23	NC_008012	GTG	2	6	950	955	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	94972344
24	NC_008012	A	8	8	976	983	100 %	0 %	0 %	0 %	94972344
25	NC_008012	T	8	8	1032	1039	0 %	100 %	0 %	0 %	94972344
26	NC_008012	GAA	2	6	1051	1056	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972344
27	NC_008012	TTA	2	6	1082	1087	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972344
28	NC_008012	A	6	6	1140	1145	100 %	0 %	0 %	0 %	94972344
29	NC_008012	TCG	2	6	1158	1163	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94972344
30	NC_008012	ATT	2	6	1242	1247	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972344
31	NC_008012	TTC	2	6	1254	1259	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972344
32	NC_008012	AGA	2	6	1304	1309	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972344
33	NC_008012	CTTC	2	8	1327	1334	0 %	50 %	0 %	50 %	94972344
34	NC_008012	TAT	2	6	1428	1433	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_008012	AGT	2	6	1502	1507	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_008012	AT	3	6	1611	1616	50 %	50 %	0 %	0 %	94972345
37	NC_008012	TAT	2	6	1650	1655	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972345
38	NC_008012	TTATA	2	10	1767	1776	40 %	60 %	0 %	0 %	94972345
39	NC_008012	T	6	6	1809	1814	0 %	100 %	0 %	0 %	94972345
40	NC_008012	GTA	2	6	1923	1928	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972346
41	NC_008012	AT	3	6	1982	1987	50 %	50 %	0 %	0 %	94972346
42	NC_008012	TAA	2	6	2040	2045	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972346
43	NC_008012	ATA	2	6	2050	2055	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972346
44	NC_008012	TGA	2	6	2059	2064	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972346
45	NC_008012	ATT	2	6	2080	2085	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972346
46	NC_008012	TAA	2	6	2097	2102	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972346
47	NC_008012	AT	3	6	2105	2110	50 %	50 %	0 %	0 %	94972346
48	NC_008012	AGA	2	6	2121	2126	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972346
49	NC_008012	ATAA	2	8	2138	2145	75 %	25 %	0 %	0 %	94972346
50	NC_008012	TA	3	6	2169	2174	50 %	50 %	0 %	0 %	94972346
51	NC_008012	T	7	7	2205	2211	0 %	100 %	0 %	0 %	94972346
52	NC_008012	GAA	2	6	2234	2239	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972346
53	NC_008012	ATA	2	6	2248	2253	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972346
54	NC_008012	ATCA	2	8	2256	2263	50 %	25 %	0 %	25 %	94972346
55	NC_008012	AAC	2	6	2274	2279	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_008012	AAG	2	6	2330	2335	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_008012	GAAA	2	8	2410	2417	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_008012	T	9	9	2422	2430	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_008012	CTTT	2	8	2480	2487	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
60	NC_008012	AT	3	6	2493	2498	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_008012	TCC	2	6	2500	2505	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
62	NC_008012	GTAA	2	8	2516	2523	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NC_008012	AGA	2	6	2549	2554	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_008012	AGA	2	6	2569	2574	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972347
65	NC_008012	TAT	2	6	2596	2601	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972347
66	NC_008012	TGT	2	6	2610	2615	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972347
67	NC_008012	GAA	2	6	2639	2644	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972347
68	NC_008012	AGCA	2	8	2721	2728	50 %	0 %	25 %	25 %	94972347
69	NC_008012	T	6	6	2818	2823	0 %	100 %	0 %	0 %	94972347
70	NC_008012	A	6	6	2829	2834	100 %	0 %	0 %	0 %	94972347
71	NC_008012	TCT	2	6	2871	2876	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972347
72	NC_008012	AGA	2	6	2903	2908	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_008012	AT	3	6	3003	3008	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_008012	TAT	2	6	3017	3022	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_008012	TGG	2	6	3081	3086	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_008012	A	6	6	3095	3100	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_008012	TAA	2	6	3154	3159	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_008012	TTG	2	6	3184	3189	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_008012	ATA	2	6	3218	3223	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_008012	T	6	6	3244	3249	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_008012	TAAA	2	8	3255	3262	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_008012	ACC	2	6	3272	3277	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
83	NC_008012	GGTA	2	8	3285	3292	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
84	NC_008012	T	6	6	3321	3326	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_008012	AAAT	2	8	3350	3357	75 %	25 %	0 %	0 %	94972348
86	NC_008012	GTT	2	6	3404	3409	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972348
87	NC_008012	T	6	6	3426	3431	0 %	100 %	0 %	0 %	94972348
88	NC_008012	AGA	2	6	3475	3480	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972348
89	NC_008012	TTC	2	6	3485	3490	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972348
90	NC_008012	AGC	2	6	3518	3523	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94972348
91	NC_008012	TC	3	6	3728	3733	0 %	50 %	0 %	50 %	94972348
92	NC_008012	A	7	7	3779	3785	100 %	0 %	0 %	0 %	94972348
93	NC_008012	AGAT	2	8	3829	3836	50 %	25 %	25 %	0 %	94972348
94	NC_008012	AT	3	6	3840	3845	50 %	50 %	0 %	0 %	94972348
95	NC_008012	TC	3	6	3915	3920	0 %	50 %	0 %	50 %	94972348
96	NC_008012	CAA	2	6	3921	3926	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972348
97	NC_008012	A	6	6	3984	3989	100 %	0 %	0 %	0 %	94972348
98	NC_008012	GTAA	2	8	3999	4006	50 %	25 %	25 %	0 %	94972348
99	NC_008012	ATA	2	6	4013	4018	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972348
100	NC_008012	T	6	6	4019	4024	0 %	100 %	0 %	0 %	94972348
101	NC_008012	T	6	6	4032	4037	0 %	100 %	0 %	0 %	94972348
102	NC_008012	AT	3	6	4038	4043	50 %	50 %	0 %	0 %	94972348
103	NC_008012	TAAAA	2	10	4055	4064	80 %	20 %	0 %	0 %	94972348
104	NC_008012	AAT	2	6	4065	4070	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972348
105	NC_008012	TAC	2	6	4121	4126	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972348
106	NC_008012	ATAAC	2	10	4131	4140	60 %	20 %	0 %	20 %	94972348
107	NC_008012	T	6	6	4143	4148	0 %	100 %	0 %	0 %	94972348
108	NC_008012	ATA	2	6	4158	4163	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972348
109	NC_008012	A	6	6	4169	4174	100 %	0 %	0 %	0 %	94972348
110	NC_008012	ATA	2	6	4193	4198	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972348
111	NC_008012	AAT	2	6	4274	4279	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972348
112	NC_008012	GAA	2	6	4302	4307	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972348
113	NC_008012	GCA	2	6	4320	4325	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94972348
114	NC_008012	AGAA	2	8	4328	4335	75 %	0 %	25 %	0 %	94972348
115	NC_008012	TCTT	2	8	4353	4360	0 %	75 %	0 %	25 %	94972348
116	NC_008012	TAA	2	6	4372	4377	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972348
117	NC_008012	TAA	2	6	4487	4492	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972348
118	NC_008012	AGT	2	6	4500	4505	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972348
119	NC_008012	A	6	6	4506	4511	100 %	0 %	0 %	0 %	94972348
120	NC_008012	GTG	2	6	4528	4533	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	94972348
121	NC_008012	GAAG	2	8	4546	4553	50 %	0 %	50 %	0 %	94972348
122	NC_008012	TTG	2	6	4591	4596	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972348
123	NC_008012	GA	3	6	4609	4614	50 %	0 %	50 %	0 %	94972348
124	NC_008012	CAG	2	6	4651	4656	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94972348
125	NC_008012	AAT	2	6	4713	4718	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972348
126	NC_008012	TCTG	2	8	4722	4729	0 %	50 %	25 %	25 %	94972348
127	NC_008012	TTA	2	6	4753	4758	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972348
128	NC_008012	CAA	2	6	4774	4779	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972348
129	NC_008012	CAT	2	6	4786	4791	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972348
130	NC_008012	TAA	2	6	4820	4825	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972348
131	NC_008012	A	6	6	4833	4838	100 %	0 %	0 %	0 %	94972348
132	NC_008012	TATTTT	2	12	4874	4885	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	94972348
133	NC_008012	T	7	7	4905	4911	0 %	100 %	0 %	0 %	94972348
134	NC_008012	TTG	2	6	4913	4918	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972348
135	NC_008012	T	6	6	4919	4924	0 %	100 %	0 %	0 %	94972348
136	NC_008012	A	7	7	4944	4950	100 %	0 %	0 %	0 %	94972348
137	NC_008012	ATA	2	6	4957	4962	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972348
138	NC_008012	TA	3	6	4995	5000	50 %	50 %	0 %	0 %	94972348
139	NC_008012	ATA	2	6	5007	5012	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972348
140	NC_008012	TATT	2	8	5040	5047	25 %	75 %	0 %	0 %	94972348
141	NC_008012	ATT	2	6	5063	5068	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972348
142	NC_008012	AGT	2	6	5069	5074	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972348
143	NC_008012	TGT	2	6	5082	5087	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972348
144	NC_008012	ATT	2	6	5105	5110	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972348
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162	NC_008012	ATATTA	2	12	5482	5493	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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164	NC_008012	AATA	2	8	5519	5526	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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284	NC_008012	T	8	8	9594	9601	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
285	NC_008012	TTA	2	6	9632	9637	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972353
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287	NC_008012	AT	3	6	9677	9682	50 %	50 %	0 %	0 %	94972353
288	NC_008012	T	8	8	9725	9732	0 %	100 %	0 %	0 %	94972353
289	NC_008012	TCC	2	6	9752	9757	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	94972353
290	NC_008012	TAA	2	6	9797	9802	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972353
291	NC_008012	GTT	2	6	9820	9825	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972353
292	NC_008012	TAA	2	6	9879	9884	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972353
293	NC_008012	ATAG	2	8	9891	9898	50 %	25 %	25 %	0 %	94972353
294	NC_008012	T	7	7	9924	9930	0 %	100 %	0 %	0 %	94972353
295	NC_008012	T	8	8	9962	9969	0 %	100 %	0 %	0 %	94972353
296	NC_008012	CAG	2	6	9986	9991	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94972353
297	NC_008012	TAT	2	6	10125	10130	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972353
298	NC_008012	AT	3	6	10166	10171	50 %	50 %	0 %	0 %	94972353
299	NC_008012	TCA	2	6	10226	10231	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972353
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309	NC_008012	TAAA	2	8	10828	10835	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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323	NC_008012	T	8	8	11284	11291	0 %	100 %	0 %	0 %	94972354
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329	NC_008012	T	7	7	11387	11393	0 %	100 %	0 %	0 %	94972355
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382	NC_008012	T	9	9	12948	12956	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
383	NC_008012	ATT	2	6	12958	12963	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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387	NC_008012	TA	3	6	13032	13037	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
388	NC_008012	TA	3	6	13039	13044	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
389	NC_008012	AGC	2	6	13052	13057	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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392	NC_008012	AAC	2	6	13135	13140	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972357
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411	NC_008012	T	7	7	13762	13768	0 %	100 %	0 %	0 %	94972357
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413	NC_008012	AT	3	6	13805	13810	50 %	50 %	0 %	0 %	94972357
414	NC_008012	TTA	2	6	13815	13820	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972357
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418	NC_008012	T	6	6	13943	13948	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
419	NC_008012	ATT	2	6	13949	13954	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972358
420	NC_008012	T	7	7	13960	13966	0 %	100 %	0 %	0 %	94972358
421	NC_008012	TA	3	6	13979	13984	50 %	50 %	0 %	0 %	94972358
422	NC_008012	ATA	2	6	14013	14018	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972358
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424	NC_008012	TAA	2	6	14165	14170	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972358
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426	NC_008012	T	6	6	14223	14228	0 %	100 %	0 %	0 %	94972358
427	NC_008012	AAT	2	6	14255	14260	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972358
428	NC_008012	TAA	2	6	14274	14279	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972358
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452	NC_008012	AT	3	6	14929	14934	50 %	50 %	0 %	0 %	94972358
453	NC_008012	TTTGA	2	10	14972	14981	20 %	60 %	20 %	0 %	94972358
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455	NC_008012	AAATT	2	10	15056	15065	60 %	40 %	0 %	0 %	94972358
456	NC_008012	AAT	2	6	15128	15133	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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459	NC_008012	TAA	2	6	15187	15192	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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461	NC_008012	T	7	7	15231	15237	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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464	NC_008012	AAG	2	6	15277	15282	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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